Le 63e bataillon d'infanterie est créé à la fin du XVIIIe siècle, initialement sous le nom de 3e régiment d'infanterie de Rio de Janeiro. Tout au long de son existence, il porta plusieurs noms, mais ce n'est qu'en 1919 qu'il reçut le nom de 14e Bataillon de Chasseurs et fut définitivement transféré à Florianópolis. L'emplacement choisi pour son siège était la région qui s'appelait autrefois Campo do Manejo et qui est actuellement occupée par l'Institut d'Éducation. Le nom « Campo do Manejo » est né précisément parce que le champ qui existait dans cette région était utilisé pour gérer – entraîner ou exercer – les troupes.
Le 25 septembre 1936, le 14e Bataillon de Chasseurs d'alors part occuper, dans l'actuel quartier d'Estreito, un terrain en partie donné par l'État et en partie acquis auprès de tiers. Cependant, ce n'est que le 14 novembre 1972, trente-six ans plus tard, qu'il reçut sa désignation actuelle de 63e Bataillon d'infanterie.
Parmi les nombreuses missions honorables, se distingue la participation de trois groupes de militaires faisant partie du corps expéditionnaire brésilien (FEB) qui ont combattu en Italie.
En 1986, il a reçu l'honneur d'avoir Cel. Fernando Machado de Souza, un personnage de Desterro qui combattit vaillamment et mourut le 06 décembre 1868, lors de la bataille d'Itororó, pendant la guerre du Paraguay.