Derrière une perspective de guérison à la Flare, Thomas dirige son groupe de Gladers en fuite dans leur mission finale et la plus dangereuse à ce jour. Pour sauver leurs amis, ils doivent envahir la légendaire Dernière Cité, un labyrinthe qui pourrait s'avérer être le labyrinthe le plus meurtrier de tous. Quiconque le termine vivant reçoit des réponses aux questions que les Gladers se posent depuis leur arrivée dans le labyrinthe.